TMT（Tandem Mass Tags）是一种广泛应用于高通量蛋白质定量分析的同位素标签技术，可实现多样本并行检测（目前最多可支持18-plex），在疾病机制研究、药物作用机制解析和临床生物标志物筛选中显示出强大优势。然而，比值压缩（Ratio Compression）是TMT定量中最主要的技术瓶颈之一。由于共洗脱肽段在MS2级别的干扰，导致目标肽段的报告离子强度不准确，从而引发定量结果低估，尤其在低丰度蛋白质中更为明显。为了克服这一难题，同步前体选择MS3（Synchronous Precursor Selection-MS3, 简称SPS-MS3）技术被提出并逐渐成为TMT高精度定量中的核心策略之一。

一、比值压缩的成因：从MS2层面解析

在TMT-MS2工作流程中，肽段在一级质谱（MS1）被筛选后进入碰撞诱导解离（CID）或高能碰撞解离（HCD）阶段。此时，除了目标肽段，还常常伴随着共洗脱干扰离子（co-isolated precursors），这些干扰离子在MS2中也被碎裂，进而释放出非目标肽段的TMT reporter离子，导致定量信号混淆，从而压缩真实的表达比值。

二、SPS-MS3的原理与优势

1、什么是SPS-MS3？

SPS-MS3 是一种基于Orbitrap Tribrid平台（如Fusion Lumos、Eclipse等）开发的高级定量模式，核心思路是在第二次碎裂（MS3）中选取多个目标离子进行同步分析，从而显著降低共洗脱干扰。

工作机制：

• MS1：筛选目标肽段前体离子
• MS2：初步碎裂，产生b/y离子群
• SPS选择：从MS2碎片中选取多个高强度b/y离子（通常为10个）
• MS3：将这批SPS选择的离子再进行一次高能碎裂，生成TMT reporter离子进行定量

2、SPS-MS3的关键优势

• 显著降低比值压缩：通过从多个MS2碎片离子而非原始前体进行定量，有效排除共洗脱干扰离子
• 提高定量精度与可信度：尤其对低丰度蛋白的差异表达识别更敏感
• 提升重复性：在多次重复实验中表现出更稳定的定量性能

三、如何优化TMT工作流程以最大化SPS-MS3效能？

1、仪器设置优化

（1）SPS离子数量：建议选择8~10个高强度MS2碎片作为SPS离子，避免选取干扰或背景离子；

（2）MS3分辨率：建议设定为60,000（Orbitrap）以上，确保TMT报告离子高分辨分离；

（3）激发能量（NCE）：MS3阶段推荐使用较高的NCE（如65~70%）以确保reporter离子释放充分。

2、样品前处理优化

（1）高pH反相分级（HpH fractionation）：提升肽段复杂度控制能力，降低共洗脱概率；

（2）蛋白酶切效率：确保肽段完整性和定点切割，减少非特异性背景离子；

（3）去除高丰度蛋白：如在血浆或组织样本中，预先去除白蛋白、免疫球蛋白等高丰度干扰蛋白。

3、数据分析策略

（1）采用Proteome Discoverer + SEQUEST/Byonic + SPS-MS3数据整合模块；

（2）使用Precursor Coisolation Threshold功能评估干扰程度；

（3）结合Reporter Ion S/N比过滤低质量肽段，提高数据质量。

四、SPS-MS3技术的适用场景

1、复杂组织样本的深度定量分析：如肿瘤组织、脑组织等高复杂度样本；

2、低丰度蛋白研究：如转录因子、细胞因子等低表达蛋白的筛选；

3、临床样本标志物发现：对定量精度要求极高的多组学临床研究；

4、药物作用机制研究：解析药物处理前后蛋白调控动态变化。

TMT技术作为高通量蛋白质组学的利器，唯有解决比值压缩问题，才能真正发挥其多通量定量的潜力。SPS-MS3为科研人员提供了稳定可靠的解决方案，特别适合高复杂度、微弱差异表达等场景。百泰派克生物科技致力于为您的每一个实验数据保驾护航。如果您正在进行TMT定量实验或遇到比值压缩问题，欢迎联系我们的专家团队，我们将为您提供一对一的技术支持与解决方案。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

>>点击了解更多优质服务项目